此外,在杭州亲子鉴定使用所谓的RFLP鉴定法时,尤其是号称“DNA指纹”法的Multi-locus RFLP。 这种鉴定方法与PCR法最大之差别在于PCR法可以准确地鉴定出对偶基因的型别,因此杭州亲子鉴定在推算子女亲子关系系数时非常明确。但是,RFLP因为是用酵素切位,形成的图谱是大小不同的DNA片段,只要图谱上该两名假设父与子女之染色带相符的数目不一致且又无法排除时,即会出现两个亲子关系确定几率,此时确定几率之大小是否可用来作为直接的比较,亦即,以几率大者为真实之父,而几率小者被排除,则未有定论。惟对此几率值之评价上,有两种立法例可供参考:其一,德国法系以要求两者父性确定几率之差异必须达一定程度,例如,甲为98铂,乙为80%以下,则此几率差异足够,可认定甲为真实之父;其二,瑞士法,并不要求如此之差异程度,单纯地以相对盖然性大者为真实之父,例如,甲98%,乙95%,则甲亦被肯认为真实之父①。惟杭州亲子鉴定此种以亲子关系确定率高低为断之方式,于现行PCR一DNA鉴’台定系统中并不适宜,原因即在于,现行系统之排除率相当高,如果两者均不能排除的情况发生时,必然两者之亲子关系确定率都相当地高,例如一为99.99%,另一为99.9999啪,此时亲子关系确定率无论如何均不可能有前述德国法所要求之大幅度之差距;而如瑞士法,此时杭州亲子鉴定之微幅差异在统计上亦无多大意义矣。再者,此类杭州亲子鉴定立法例大概都是十余年前之鉴定系统背景下所为之因应,以今日DNA之鉴定效能观之,已不合时宜。
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